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建县前的辖属
西汉神爵二年(前60年)前，英吉沙境内山地归依耐行国，平原由桢中城国管辖。
西汉神爵二年(前60年)，汉朝政府于乌垒设西域都护府，统领西域各国，英吉沙纳入汉朝版图，归西域都护府管辖。东汉光武帝建武五年(29年)，归属因抗匈奴有功被封为西域大都尉的莎车国王管辖。东汉明帝永平四年(61年)，归逞霸于塔里木盆地西缘一带的于阗国管辖。东汉明帝永平十七年(74年)，班超定西域，归汉朝西域都护管辖。东汉和帝永元十四年(102年)，西域都护班超奉诏回京，西域诸国反，境内依耐、桢中两国自立。东汉安帝永初元年(107年)，北匈奴控制西域，英吉沙成其属地。东汉顺帝永建二年(127年)，西域长史班勇会同敦煌太守张朗再次收复西域，魏文帝黄初二年(222年)，英吉沙由朝廷封为复归中央政权，由朝廷封为汉大都尉的疏勒国王臣磐节制，依耐、桢中两国被疏勒兼并，但仍受魏在西域重设的戊己校尉领护。北魏宣武正始元年(504年)，哒越葱岭占据疏勒国，英吉沙成为哒属地。隋大业元年(605年)，西突厥占领疏勒，英吉沙为西突厥节制。唐显庆三年(658年)，西突厥败退西域，唐设疏勒都督府统辖英吉沙。唐咸亨元年(670年)，吐蕃占领英吉沙20余年，至武则天如意元年(692年)，回归中央政权。唐开成五年(840年)，英吉沙归东喀喇汗王朝管辖。西辽康国元年(1134年)，东喀喇汗王朝臣属西辽，英吉沙一带随之归属西辽，蒙古太祖十二年(1217年)，成吉思汗派兵攻占喀什噶尔，由达鲁花赤(监治官)镇守英吉沙一带。此后，一直归属元朝。明正德九年(1514年)，察合台后裔赛义德汗建立叶尔羌国，英吉沙受其管辖。清康熙十九年(1680年)，蒙古准噶尔部在维吾尔族白山派和卓阿巴克引领下灭叶尔羌汗国，英吉沙一度受准噶尔控制。清乾隆二十四年(1759年)，清政府平定大小和卓叛乱后，划英吉沙为中等城，命一名四品阿奇木伯克署理政事，另设总兵管理边务。清乾隆二十八年(1763年)，清廷在喀什噶尔设参赞大臣管理英吉沙等南八城事务。清乾隆三十一年(1766年)，清廷在英吉沙设领队大臣，署理边务兼理民事，受喀什噶尔办事大臣节制。清光绪八年(1882年)，清廷在喀什噶尔设分巡道，署理英吉沙等西四城事务。清光绪十年(1884年)，清政府筹建新疆行省，置英吉沙为直隶厅，定名为英吉沙尔，归喀什噶尔道管辖。
建县后的沿革
中华民国2年(1913年)，英吉沙尔直隶厅改为二级县，定名英吉沙，设县公署，隶属于喀什噶尔分巡道。民国16年(1927年)，新疆废除道尹之职，各道改称行政区，县公署改称县政府，县知事改称县长。喀什设行政长公署于疏附县(今喀什市)，英吉沙归喀什行政长公署管辖。
中华人民共和国成立后，英吉沙县先归喀什专区领导，1954年，归南疆行署管辖。1956年，南疆行署撤销，复归重新成立的喀什专员公署领导。1969年，由喀什地区革命委员会领导。1979年，归喀什地区行政公署领导至今。